La taxonomía es la rama de la Biología que se ocupa de catalogar la diversidad biológica. Sin embargo, concomitantemente con la pérdida acelerada que ha experimentado la biodiversidad, se ha producido una crisis en esta ciencia. La falta de interés por la taxonomía ha conllevado a que el número de especialistas activos, sea insuficiente para afrontar la enorme tarea de descubrir e inventariar la diversidad biológica existente en la actualidad. En este contexto, la taxonomía molecular provee un sistema que aprovecha el desarrollo tecnológico disponible para contribuir con dicha labor: el código de barras de ADN. En este trabajo, se valoran los avances logrados con esta iniciativa, así como los elementos que han alimentado el polémico debate acerca de los pros y contras de su uso. Igualmente, se hacen algunas consideraciones sobre las posibilidades y oportunidades de la implementación del código de barras de ADN, para catalogar la biodiversidad en Cuba.