Nuevo diseño para una clase práctica de visualización y análisis de la estructura tridimensional de las proteínas / New design for a practical lesson on visualization and analysis of the three-dimensional structure of proteins

Resumen

En el tema Proteínas de la asignatura Biomoléculas que se imparte a estudiantes de 2do año de la Licenciatura en Bioquímica y Biología Molecular, está implementada una clase práctica para la visualización y análisis de estructuras tridimensionales de proteínas. Esta clase  tiene el objetivo de ejercitar los diferentes niveles estructurales que presentan las proteínas y su relación con las funciones que estas realizan. Para ello se utilizan las estructuras de varias proteínas en formato PDB, depositadas en la base de datos Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/), y se emplea además el programa Swiss PDBViewer para su análisis y visualización. Estas dos herramientas son de acceso libre a través de internet, para toda la comunidad científica. En el presente curso, considerando que los estudiantes tienen poco conocimiento sobre las herramientas y aplicaciones de la Bioinformática, se realizó una breve introducción para documentar las oportunidades de investigación en esta temática. Se seleccionaron 16 proteínas globulares y fibrosas que los estudiantes conocían de Biología Celular, con el objetivo de integrar y consolidar los conocimientos de ambas asignaturas. La clase se evaluó mediante la confección de informes con los principales resultados de la visualización y el análisis de la estructura de proteínas, y de la información disponible en la literatura científica sobre la relación estructura-función. Para ello, los estudiantes accedieron a páginas en formato HTML, descargadas de Bases de Datos de información de interés biológico que se usan comúnmente en el trabajo bioinformático. Como resultado del trabajo se exponen las ventajas de este nuevo diseño de clase práctica en el aprendizaje de los contenidos impartidos, así como su importancia en la orientación profesional.

Palabras clave: estructura de proteínas, enseñanza de la bioinformática, Swiss PDBViewer  

ABSTRACT

Proteins topic is taught in the subject Biomolecules for second year students of Biochemistry and Molecular Biology career. A class for the visualization and analysis of three-dimensional structures of proteins is implemented in this subject. This class is intended to exercise the different structural levels of proteins and their relation to the functions they perform. For this purpose we used the structures of several proteins in PDB format, deposited in the database Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/) and also employ the Swiss PDBViewer program for analysis and visualization. These tools are freely accessible via Internet, for the entire scientific community. In this course, considering that students have little knowledge about the tools and applications of Bioinformatics, there was a brief introduction to expose research opportunities in this area. We selected 16 globular and fibrous proteins students knew from their course of Cell Biology, with the aim to integrate and consolidate the knowledge of both subjects. The lesson was evaluated through the preparation of reports with the main results of the visualization and analysis of protein structure, and information available in scientific literature on the structure-function relationship. To do this, students accessed HTML pages downloaded from Databases of Biological Information that are commonly used in bioinformatics work. As a result of the work we expose the advantages of this new design of practical class in exploiting the contents covered and its importance in career guidance.

Keywords: protein structure, Bioinformatics teaching, Swiss PDBViewer